Самая серьезная и, к сожалению, нередко встречающаяся ошибка при работе с EFS заключается в том, что пользователи шифруют данные на локальном компьютере (или компьютере — члене группы), а затем переустанавливают операционную систему. В этом случае данные будут безвозвратно утеряны, т. к. доступ к ним имели только два пользователя той системы, в которой данные были зашифрованы: пользователь, выполнивший эту операцию, и агент восстановления. Ошибка состоит в том, что для расшифровки данных необходимо предъявить сертификаты одного из названных пользователей, а для этого соответствующие сертификаты нужно было экспортировать и сохранить.
EFS располагает встроенными средствами восстановления зашифрованных данных в условиях, когда неизвестен личный ключ пользователя. Пользователи, которые могут восстанавливать зашифрованные данные в условиях утраты личного ключа, называются агентами восстановления данных. Агенты восстановления данных обладают сертификатом (Х.509 v.3) на восстановление файлов и личным ключом, с помощью которых выполняется операция восстановления зашифрованных файлов. Используя ключ восстановления, можно получить только сгенерированный случайным образом ключ, с помощью которого был зашифрован конкретный файл. Поэтому агенту восстановления не может случайно стать доступной другая конфиденциальная информация.
Средства восстановления данных предназначены для применения в разнообразных конфигурациях вычислительных сред. Параметры процедуры восстановления зашифрованных данных в условиях утраты личного ключа задаются политикой восстановления. Она представляет собой одну из политик открытого ключа (public key policy). Политика восстановления определяется только в домене Windows Server 2003. Администратор домена одновременно является и агентом восстановления с соответствующими полномочиями. Могут быть добавлены и другие агенты. Это делается с помощью оснастки
Group Policy Object Editor (Групповая политика), в окне которой нужно выбрать узел Security Settings | Public Key Policies | Encrypting File System. В контекстном меню этого узла имеются команды, позволяющие управлять агентами и политиками восстановления. Политика восстановления может быть задана и на одиночном компьютере.
Политики восстановления в Windows Server 2003 работают иначе, чем в Windows 2000. По умолчанию на компьютерах под управлением Windows Server 2003 агенты восстановления не создаются и политика восстановления не препятствует работе EFS. Это означает, что восстановить зашифрованную информацию могут только те пользователи, которые ее зашифровали.